Родился в Сан-Паулу. В 1993 дебютировал в ФК Сан-Паулу. Это были удачные годы для клуба, который на тот момент, будучи под руководством великого Теле Сантаны, был одним из сильнейших в Бразилии и в мире. В том же году Жуниньо вместе с клубом выиграл Кубок Либертадорес, а за тем и Межконтинентальный Кубок, в финале которого был бит грозный Милан. В феврале 1995 Жуниньо дебютировал в сборной Бразилии. В октябре того же года уехал играть в Европу, в английский Мидлсбро, где сразу стал за свою игру любимцем болельщиков. Сезон-1997 сложился для Мидлсбро трагически: команда дошла до финала в Кубке Англии и Кубке Лиги, но уступила в обоих, а в конце года снятие 3 очков за неявку на матч с Блэкберном привело к вылету клуба из Премьер-Лиги. По окончании сезона Жуниньо перешёл за £12 млн. в испанский Атлетико Мадрид. Начал в новом клубе неплохо, но травмы не позволили ему полностью раскрыться, и он, став глубоким запасным, был отдан в аренду на сезон 1999-2000 обратно в Мидлсбро, где провёл неплохой сезон, забив 4 гола в 24 играх. В этом же сезоне Атлетико вылетел из Примеры, а в Сегунде Жуниньо был им не нужен, и в итоге он был сдан в аренду ещё на сезон, на сей раз в Васко да Гама, где, кстати, вместе с ним выступал его частичный тёзка Жуниньо Пернамбукано. С этой командой Жуниньо выиграл Чемпионат Бразилии по футболу и Копа Меркосур. Летом 2001 вернулся из аренды, полгода числился в мадридском Атлетико, но играл редко, и в январе 2002 отправился в третью аренду— в клуб Фламенго. Летом 2002 добился главного успеха в карьере, став на ЧМ-2002 в составе сборной Бразилии чемпионом мира по футболу. Играл на ЧМ в 5 матчах из 7 всего сыгранных его командой, вышел на замену в финале. Внёс большой вклад в победу сборной на ЧМ. Тем же летом окончательно покинул мадридский Атлетико, вернувшись в Мидлсбро, за который отыграл ещё два сезона, выиграв с ним Кубок Лиги. Это был последний крупный успех в его карьере на данный момент. Летом 2004 у него истёк срок контракта с Мидлсбро, а нового соглашения стороны не заключили. Жуниньо перешёл как свободный агент в Селтик. Там он неплохо начал, стал лучшим игроком в первом своём матче — старой фирме против Глазго Рейнджерс, но в дальнейшем сел на банку ; как он сам позже говорил, тренер Мартин О'Нил так и не дал ему шанса закрепиться в составе. Затем были в его карьере были Палмейрас и Фламенго. С последним он выиграл два региональных соревнования, но долго поиграть там ему не довелось. В ходе проигранного Фламенго матча Кубка Либертадорес с уругвайским клубом Дефенсор Спортинг(0-3) между Жуниньо и тренером Фламенго Неем Франко возникла потасовка, за это Жуниньо был отчислен из клуба. Последним на данный момент клубом этого великого игрока был австралийский ФК Сидней. На данный момент Жуниньо — свободный агент, завершать карьеру пока не собирается.

Награды

Сан-Паулу

Обладатель Кубка Либертадорес (1993)

Обладатель Суперкубка Либертадорес (1993)

Обладатель Межконтинентального Кубка (1993)

Обладатель Рекопы (1994)

Обладатель Кубка КОНМЕБОЛ (1994)

Васко да Гама

Чемпион Бразилии (2000)

Обладатель Копа Меркосур (2000)

Миддлсбро

Обладатель Кубка Английской Лиги (2004)

Фламенго

Чемпион штата Рио-де-Жанейро (2007)

Карьера в сборной

Бронза Олимпийских игр-1996(Атланта)

Чемпион мира 2002

Персональные

Лучший бомбардир Кубка КОНМЕБОЛ: 1994

Обладатель Серебряного мяча (по версии журнала Плакар ): 2000, 2005