Жорже Вагнер начал карьеру в 2000 году в родном штате, за клуб «Баия», и уже через год получил приглашение от «Крузейро», где стал игроком основы. В 2003 году Вагнера вместе с Леандро приобретает российский клуб «Локомотив», но там бразильским футболистам не удалось закрепиться, поскольку игроков в основном использовали не на привычных позициях. Во второй половине года Вагнер был отдан в аренду в «Коринтианс», где провёл 18 матчей и забил 2 гола.

В 2004 году футболист вернулся в Россию, но ему продолжали не доверять место в основе, выпускав флангового полузащитника лишь 4 раза в чемпионате России в основном на позицию в центре. Впрочем, эти 4 матча позволили ему в итоге стать чемпионом России.

В 2005 году Жорже Вагнер был отдан в аренду в «Интернасьонал», где заработал себе высокую репутацию и числился даже среди кандидатов в сборную Бразилии. По итогам чемпионата «Интер» занял второе место, причём чемпионского титула команда не смогла завоевоть лишь из-за судейского скандала и последовавших за ним переигровок.

В первой половине 2006 года Вагнер оставался игроком «Локомотива», будучи в аренде в «Интере». Российский клуб мог по контракту призвать футболиста в свои ряды, но ходатайство руководителей «Интера» помогло остаться лучшему правому латералю Бразилии в рядах «Колорадос», и в итоге команда выиграла впервые в своей истории Кубок Либертадорес. Сразу после этого контракт Жорже Вагнера с «Локомотивом» истёк и на правах свободного агента он перешёл в испанский «Реал Бетис». Там он провёл 10 матчей первого круга чемпионата Испании (то есть, больше половины) и в начале 2007 года согласился на предложение о переходе в «Сан-Паулу», ставившего куда большие цели, чем команда, борющаяся за выживание в чемпионате Испании. В итоге, вместе со своим бывшим одноклубником по «Локомотиву» Леандро, Жорже Вагнер в 2007 году стал чемпионом Бразилии. В 2008 году Жорже Вагнер заключил трёхлетний контракт с «Сан-Паулу» (до конца 2010 года).

Командные

Чемпион Бразилии (1): 2007

Вице-чемпион Бразилии (1): 2005

Чемпион России (1): 2004

Чемпион штата Риу-Гранди-ду-Сул (1): 2005

Чемпион штата Минас-Жерайс (1): 2002

Обладатель Кубка Содружества (1): 2005

Победитель Кубка Либертадорес (1): 2006