Самые старые ссылки на область, где сегодня располагается штат Алагоаc, относятся к 1501г.; экспедиция, которой командовал Америго Веспучио, прошла побережье с севера на юг, и упоминала реку Сан-Франциску (которая сегодня разделяет штаты Alagoas и Sergipe).

В следующие годы французы исследовали область, выменивая у индейцев дерево бразил (brasil).  Сохранились до сих пор такие названия, как Порт французов или Берег французов.

Чтобы защитить колонию от вторжений, португальцы организовали военную структуру – капитанию.  Алагоас тогда был частью капитании Пернамбуку (Pernambuco), одной из немногих, которые процветали, благодаря плантациям сахарного тростника. До и после 1550, правитель Пернамбуку, Дуарте Коэльу (Duarte Coelho), который обосновался в области Олинды, посылал экспедиции в Алагоас, которые основали поселения и подготовили инфраструктуру для новых сахарных плантаций.

В 1556, епископ по имени Перу Фернандеш Сардинья (Pero Fernandes Sardinha) шел на корабле от Баии (Bahia) до Португалии и его судно остановилось у побережья Алагоаса. Согласно историческим фактам,  Sardinha был убит и съеден индейцами; португальцы послали экспедицию, чтобы бороться с каннибалами, и почти полностью их истребили.

В 1630 году было основано несколько сахарных плантаций, но голландские завоеватели захватили Олинда (Olinda)  и Ресифи (Recife), затем напали на Алагоас; несколько деревень были ограблены и сожжены дотла. В жестоких сражениях  против бразильцев и португальцев, у голландцев была помощь от вождя метисов Domingos Fernandes (Серая белка) (Серая белка вместе с отрядом Jose Silverio предали Tiradentes (борцов за независимость Бразилии) и стали навсегда известны в Бразилии, как Предатели).

Даже с помощью Серой белки, у которого было превосходное знание ландшафта, голландцы были побеждены и отступили к Олинде. На бразильской стороне  в войне тоже принимали участи индейцы. Индеец по имени  Фелипе Камаран  (наряду с его женой, Кларой Камаран), принял важное участие в сражении и стал историческим героем.

После изгнания голландцев, новая война случилась в Алагоасе. Черные рабы, которые сбежали с плантаций, попытались жить свободно в сообществах, известных как киломбос (quilombos); киломбос были государством, организованным  подобно африканским племенам. Наибольший киломбо, когда-либо сформированный в Бразилии, был Палмарес (Palmares), предводителем которого в течение долгого времени был Зумби (Zumbi). Этот киломбо просуществовал больше, чем  столетие, и в пору своего расцвета занял большую область, покрывая части Пернамбуку и Алагоаса.

Владельцы финансировали несколько экспедиций, чтобы попытаться убить Зумби и разрушить киломбо;  бандейрантес (вооруженные отряды), которые играли важную роль в деле завоевания Бразилии, были наняты как наемные силы против киломбос.

В 1694, после десятилетий неудавшихся нападений (которые медленно ухудшили защитные возможности афроамериканцев), киломбо был наконец взят. Тройной набег армии  во главе с Домингос Жорже Вельу (Domingos Jorge Velho), Себастьяу Диашем (Sebastiao Dias) и Бернарду Виэйра ди Мело (Bernardo Vieira de Melo), которые были наняты губернатором Пернамбуку, полностью захватил киломбо.  Зумби сбежал, но был убит  в сражении  своими товарищами 20-ого ноября 1695 года (дата сегодня известна в Бразилии, как День Черной Совести).

В течение 18-ого столетия процветали плантации сахарного тростника; табак также успешно культивировался. Экономика штата в своей основе развивалась за счёт сельского хозяйства монокультурных плантаций. С экономическим ростом была создана инфраструктура (дороги, общественные здания).

В 1817 году Алагоас стал штатом, независимым от Пернамбуку. Сахар уже не был столь ценен, как это было раньше, но его было все еще достаточно, чтобы Алагоас продолжал быть преуспевающей областью. После бразильской независимости, в 1822, до провозглашения республики, в 1889, губернаторы Алагоаса назначались Императором. Часто губернаторы были посторонними, не имели большого интереса в Алагоасе, и наибольшее внимание центрального правительства  теперь переместилось к производителям кофе.

С установлением республики  первые два президента Бразилии (Деодору да Фосека - Deodoro da Fonseca и Флориану Пейшоту - Floriano Peixoto) были из штата Алагоас. В первых годах 20-ого столетия семья Мальта открыла традицию, у которой все еще есть видимые следы в Алагоасе и других штатах северо-востока: систему олигархического правления при выборной системе власти. Концентрация экономической власти в руках немногих фермеров (сахарный тростник - очень обширная культура, требует больших территорий земли), и низкий образовательный уровень масс, имели как последствие факт, что выборами легко управляли. Было совсем нетрудно убедить неграмотных крестьян (экономика была, до недавнего времени, преимущественно сельской), которые зависели от доброй воли плантаторов, голосовать за любого кандидата, на которого им указали. Это назвали олигархией ( правительство немногих ), потому что у доминирующих семей было соглашение между собой, чтобы определять, кто победит на выборах, и кто выиграл бы следующие выборы.  Даже при том, что олигархии существовали в нескольких других штатах, Алагоас - один из штатов, где они были более выраженными.